Hikaye, ana karakterlerden biri olan Bruno'nun perspektifinden anlatılır. Bruno, Almanya'nın Berlin şehrinde yaşayan sekiz yaşında bir çocuktur. Babası, Auschwitz Toplama Kampı'nın komutanlarından biridir ve ailesi, kampta yaşayan Yahudi esirlerin yanına taşınmak zorunda kalır. Bruno, yeni evlerinde sıkıldığını ve kendisine uygun arkadaşlarının olmadığını düşünürken, çevresindeki yüksek duvarlarla çevrili kamptaki esirlerin yanında bir çocukla tanışır.
Bu çocuğun adı Schmuel'dir ve Bruno ile aynı yaşlardadır. Schmuel, Yahudi kökenli bir çocuktur ve kamptaki acı dolu hayatın içinde mahsur kalmıştır. Bruno ve Schmuel arasında sınırları aşan bir dostluk başlar. Her gün, Bruno kamptaki çocuğun yanına giderek onunla oyunlar oynar ve hayatlarını paylaşırlar. Bruno, Schmuel'in yaşadığı zorlukları anlamaya başlar ve ona yardım etmek için elinden geleni yapmaya çalışır.
Ancak, Bruno'nun masumiyetle dolu dünyası, kamptaki gerçeklikle çarpışır. Olaylar ilerledikçe, Bruno ve Schmuel'in dostluğu büyük bir tehlikeyle karşı karşıya kalır. İki çocuğun hikayesi, insanlığın karanlık yüzünü, ırk ayrımcılığının dehşetini ve dostluğun gücünü sorgulayan dokunaklı bir şekilde anlatılır.
Çizgili Pijamalı Çocuk, okuyuculara insanlık tarihindeki acı gerçekleri gözler önüne sererken, masumiyetin ve insanlık bağlarının önemini vurgular. Roman, savaşın yıkıcı etkilerini, ayrımcılığın acımasızlığını ve dostluğun gücünü yürekleri sarsıcı bir şekilde aktarır. Boyne'un etkileyici anlatımı, okurları derinden etkileyen büyüleyici bir roman ortaya koymuştur.
