Bakır Çağı'ndan başlayarak Hitit ve Frig dönemlerine kadar birçok medeniyete ev sahipliği yapmış olan Alişar Höyüğü, arkeolojik kazılar sayesinde bölgenin en önemli şehirlerinden biri olduğunu kanıtlıyor.
Alişar Höyüğü'nün tarihi, basit bir köy görünümünden başlayıp, zamanla surlarla çevrili bir kent haline gelmesiyle dönüşüm göstermiştir. MÖ 3. binyılda Erken ve Orta Tunç Çağında şehirleşme sürecine giren Alişar, MÖ 2. binyılda Asur tüccarların da dikkatini çeken bir ticaret merkezi haline gelmiştir. Hititlerin bölgeyi ele geçirmesiyle birlikte, Alişar Hattuşaş'ın gölgesinde kalsa da, MÖ 1400-1200 yılları arasında önemli bir taşra kasabası olmuştur.
Kazılar sırasında elde edilen bulgular, şehrin farklı dönemlerdeki yapılanmasını ve kültürel etkileşimleri gözler önüne seriyor. Özellikle MÖ 2000-1500 yılları arasında büyük bir şehir hüviyetine bürünen Alişar, Hititler döneminde alt şehrin güçlendirilmesi ve savunma amaçlı yapılanmalarla dikkat çekiyor.
Alişar Höyüğü'nün tarihi serüveni, MÖ 1200-700 yılları arasındaki Hitit-Frig Kültürü'yle devam ediyor. Bu dönemden sonra alt şehrin önemi azalsa da, iç kale yeniden yapılarak Frig kültürünün izlerini taşımaya başlamıştır.