Göbeklitepe'deki kazı çalışmaları, alanın korunması için yapılan bazı uygulamaların tartışmalı hale gelmesi nedeniyle durduruldu. Özellikle, kazı alanında modern malzemeler kullanılması, tarihi dokunun korunması konusunda endişelere yol açtı. Kullanılan beyaz çimento ve benzeri malzemeler, antik yapının orijinal halini korumakta ne kadar etkili olduğu konusunda tartışmalar yarattı
Kültür Varlıkları ve Müzeler Genel Müdürlüğü, yapılan işlemlerin antik yapının korunması amacıyla gerçekleştirildiğini ve kullanılan malzemelerin kazıdan çıkan toprak ile karıştırılmış doğal harçlar olduğunu belirtti. Ancak, bu açıklamalar bazı uzmanlar tarafından yeterli bulunmadı ve tartışmalar devam etti (Artı Gerçek).
Göbeklitepe, dünya mirası olarak büyük bir öneme sahip olup, bu tür kazı ve koruma çalışmalarında kullanılan yöntemlerin dikkatle seçilmesi gerektiği vurgulanmaktadır. Kazıların geçici olarak durdurulması, hem bu yöntemlerin yeniden değerlendirilmesi hem de bölgedeki tarihi mirasın en iyi şekilde korunması amacı taşımaktadır.
